Dzwoniłam na KIS. Pani powiedziała, że o ile zaliczka nie ma charakteru definitywnego (tzn. może być zwrócona klientowi, który się na przykład rozmyśli), to w takim przypadku należy zaksięgować w przychód dopiero w momencie wystawienia faktury końcowe, nawet, jeśli jest zerowa. Może komuś się przyda ;)