Hmm, trudno powiedzieć, bo trzeba by znać przebieg transakcji dokładny.
Sam fakt, że towar przyjechał z Niemiec nie oznacza, że musisz rozliczyć WNT. Mogło dojść (dość prawdopodobne) do transakcji łańcuchowej, której przebiegu nie znasz. Przykładowo: A (DE) -> B (PL) -> C (Ty, PL), a towar bezpośrednio od A do C, z Niemiec do Polski. Wtedy, nie wchodząc w szczegóły ustalania traktowania VAT tutaj, bardzo prawdopodobnym scenariuszem jest, że A ma WDT, B ma WNT a Ty masz krajowy zakup z VAT-em 23%. Na fakturze możesz nawet zobayzć, że towar szedł z Niemiec - to są templatki faktur bardzo często.

Ja bym VAT odliczył, jeśli numer PL jest ważny w białej liście. Minimalne ryzyko jest, że transakcja mogła wyglądać inaczej, ale "zaryzykowałbym" :)