To zależy co masz w umowie z generalnym Wykonawcą. Co do zasady potrącasz z wynagrodzenia generalnego wykonawcy, masz tylko rozrachunki. Podwykonawca nie wystawi na ciebie faktur, bo nie jest stroną w twojej umowie. Sprawdź jakie masz zapisy umowne i zgodnie z nimi postępuj po to by Wykonawca nie zawlókł cię do sądu za brak płatności...