Zaliczka z zasady dotyczy otrzymanych płatności, więc do czego wystawiłeś fakturę? A jak wystawiłeś, w trybie do 30 dni przed otrzymaniem pieniędzy, to dlaczego nie opodatkować w VAT? W dochodowym przychód przyszłych okresów czyli nie wykazujesz teraz tylko po wykonaniu dostawy/usługi.