Nie, drugi raz faktury się nie księguje. Ja mam konto 224-xx na którym księguję korektę podatku na PK.
Czyli w takim przypadku księguję 224-xx/VAT naliczony i wprowadzam do rejestru zakupu z minusem.
Po zapłacie księgowanie jest odwrotne i do rejestru idzie na plus.