O ile pamiętam na fakturze sprzedaży musi być adnotacja, że podatek VAT rozlicza ostatni uczestnik, stawka 0% i zaznaczenie, że to transakcja trójstronna. Fakturę zakupu traktujesz jako WNT, ale bez naliczania podatku VAT i też zaznaczasz, że to transakcja trójstronna. W VAT-UE te zaznaczenia będą widoczne.