Co do zasady tak - jak korygujesz swój podatek należny to kwotę VAT zmniejszasz o VAT z tej niezapłaconej faktury. Jak dostaniesz zapłatę, to zwiększasz swój podatek należny. Nie ma osobnej pozycji na wykazanie z minusem VAT z tej faktury. Chyba, że w tym miesiącu nie masz VAT należnego, to wtedy kwota z korekty powinna się pokazać z minusem.
W księgach ujęłabym na konto podatek należny/konto analityczne w obrębie rozrachunków z US, np. "ulga złe długi".
Albo na pozostałe rozrachunki, też chyba tak księgują.