Czyli masz na SF podpis sporządzającego, kierownika jednostki + jeszcze jeden dodatkowy.
zastanawiam się czy ktokolwiek zwróci uwagę w KRSie że SF ma 3 podpisy ?
ja bym wysłała z tymi 3 podpisami

Myślę że nie da się usunąć podpisu,każda ingerencja w plik XML zmienia jego integralność i nie wolno w niego ingerować
bo nie przejdzie przez następne etapy ,tutaj konkretnie umieszczenie w e-krs i wysyłka.
Można wygenerować nowy XML i na nowo podpisać,ale wiadomym jest że daty będą obecne.